С помощью переменной окружения, прокси будет работать только из терминала, для этого необходимо установить переменную с соответствующей схемой (логин/пароль можно указать перед адресом login:pass@ipaddr:port):

export http_proxy="http://10.10.1.10:8080/"
export https_proxy="http://10.10.1.10:8080/"
export ftp_proxy="http://10.10.1.10:8080/"

В переменной no_proxy следует указать адреса, которые нужно игнорировать

$ export no_proxy="127.0.0.1,localhost"

Проверить список:

$ env | grep -i proxy

Очистить переменную

$ unset http_proxy

После этого, работа сразу же будет через указанный сервер

$ lynx http://2ip.ru
$ wget -qO- eth0.me 

Чтобы изменения сохранились нужно прописать данное действие в скрипт или добавить к файлу типа /etc/profile или /etc/bash.bashrc

Графическую среду можно настроить через GUI, в сетевых настройках, можно с помощью терминала. Все настройки GUI хранятся в БД DConf, в т.ч. и настройки прокси.
Для настройки есть команды: gsettings get <schema> <key> и gsettings set <schema> <key> <value>.

$ gsettings set org.gnome.system.proxy.http host 10.10.1.10
$ gsettings set org.gnome.system.proxy.http port 8080
$ gsettings set org.gnome.system.proxy mode manual
$ gsettings set org.gnome.system.proxy mode none # Для отключения прокси

Аналогично делаем https или ftp, так же, указываем авторизацию перед адресом, если нужна.
Данное изменение для текущего пользователя, если нужно для всех, тогда выполняем команды под рутом.

Работа менеджера через прокси настраивается в собственном конфиге: /etc/apt/apt.conf

Acquire::http::proxy "http://10.10.1.10:8080/";
Acquire::https::proxy "https://10.10.1.10:8080/";
Acquire::ftp::proxy "ftp://10.10.1.10:8080/";