Сведения

Stage - окружающее окно, которое содержит в себе остальные элементы. Может быть несколько, но должно быть как минимум одно. Является основным контейнером и точкой входа

Scene - отображает содержание stage. Stage может содержать несколько scene, которые можно между собой переключать. Внутри реализуется графом объектов (Scene Graph), где каждый элемент является узлом (node)

Node - элемент управления, например кнопки, метки или даже макеты (layout), внутри которых может быть несколько вложенных компонентов. У каждого узла свой идентификатор, стиль и т.д.